Untuk menunjang kahlian dan keterampilan para santri ada beberapa program keterampilan di antaranya adalah: kursus komputer, seni beladiri, seni hadrah/banjari/rebana, kursus tata boga dan tata busana, seni kaligrafi dan khat, PRAMUKA, Palang Merah Remaja (PMR), Seni Baca Al-Qur’an, Seni Musik, drum band.
Pondok Pesantren Makrifatul Ilmi sebagai pendidikan juga menanamkan jiwa wirausaha selalu menggali dan menerapkan ekonomi pesantren khususnya dan berusaha mengentaskan kemiskinan di masyarakat pada umumnya dengan bertekad menciptakan perekonomian kemaslahatan umat. Adapun usaha yang ditempuh antara lain:
- Melatih para santri cara-cara bertani dan beternak.
- Memberikan kesempatan para santri, wali santri dan alumni untuk mengikuti pelatihan agrobisnis.
- Memberikan bimbingan cara bertani dan beternak yang baik di daerah binaan.
Di antara langkah yang ditempuh oleh pondok pesantren yaitu menanam jeruk, kelapa sawit, dan kayu sengon yang ada di lahan milik pondok pesantren.
Untuk meningkatkan kemampuan dakwah dan pengabdian kepada masyarakat oleh para santri, setiap akhir pekan para santri diajari shalawat, pidato/ceramah, dan latihan khutbah. Selanjutnya, setiap hari Jum’at para santri diterjunkan ke masyarakat untuk menjadi petugas sebagai khatib di masjid-masjid yang ada di Kabupaten Bengkulu Selatan.
