Pondok Pesantren Makrifatul Ilmi Bengkulu Selatan didirikan di atas tanah seluas 3 ha. Sehubungan dengan kegiatan yang sudah berjalan, ada beberapa sarana yang harus segera dibangun agar proses proses pembelajaran dan pengajian dapat berjalan secara maksimal. Adanya pelayanan yang maksimal dalam penyelenggaraan pendidikan diharapkan dapat meningkatkan kualitas yang menyangkut, input, proses pembelajaran maupun output yang diharapkan pada lembaga pendidikan formal maupun non-formal. Oleh karena itu, untuk mewujudkan harapan tersebut tentu ketersediaan dan kelengkapan sarana dan prasarana yang dibutuhkan harus memadai dan memberikan dukungan yang lebih dalam menjalankan pelayanan kepada masyarakat, baik menyangkut sarana dan prasarana pembelajaran, peralatan penunjang administrasi umum, keuangan, akademik.
Adapun sarana dan prasarana yang ada di Pondok Pesantren Makrifatul Ilmi Bengkulu Selatan dan lembaga-lembaga pendidikan yang berada di bawah Yayasan Makrifatul Ilmi Bengkulu Selatan terdiri dari: asrama santri, gedung madrasah, laboratorium keagamaan (masjid), MCK, perkantoran, wisma guru/pengasuh.
