Untuk menunjang kelancaran kegiatan belajar mengajar di lingkungan Pondok Pesantren Makrifatul Ilmi dan untuk memenuhi berbagai kebutuhan operasional dan kebutuhan warga yang ada di dalamnya maka dibentuk badan-badan usaha antara lain:
- Bidang Pertanian dan Peternakan: perkebunan sawit, perkebunan karet, perkebunan kayu sengon, budidaya jamur,untuk peternakan yaitu penggemukan sapi dan perikanan air tawar,
- Bidang Agrobisnis: pengolahan limbah air kelapa (nata de coco), perkebunan aneka buah-buahan.
- Jasa: koperasi, kantin, waserda.
